上海市食品藥品監督管理局崇明分局組建于2001年9月，是上海市食品藥品監督管理局的派出機構。成立之初的全稱為上海市藥品監督管理局崇明分局，負責轄區內藥品、藥品包裝材料、醫療器械生產、經營的監管。 2004年2月，在原藥品監督管理局崇明分局的基礎上，組建了上海市食品藥品監督管理局崇明分局，更名為上海市食品藥品監督管理局崇明分局，除繼續承擔藥品和醫療器械監管外，履行新增職能，即負責對崇明地區食品安全的綜合監督、組織協調和依法查處重大事故。2005年1月起還負責食品流通、消費環節以及保健食品、化妝品的生產、消費和流通環節的監管。
上海市食品藥品監督管理局崇明分局內設一室三科，分別為辦公室、稽查科、藥品監管科和食品監察科。另有兩個下屬機構：崇明縣食品藥品監督所和上海市崇明食品藥品檢驗所。崇明縣食品藥品監督所成立于2005年1月1日，是行政執法性事業單位，內設辦公室、審核發證科、綜合業務科和監督一科、監督二科五個部門。上海市崇明食品藥品檢驗所成立于2002年12月，是食品藥品監管的技術支撐機構，內設綜合辦、檢驗室兩個部門。