上海市食品藥品監(jiān)督管理局崇明分局組建于2001年9月，是上海市食品藥品監(jiān)督管理局的派出機構(gòu)。成立之初的全稱為上海市藥品監(jiān)督管理局崇明分局，負責(zé)轄區(qū)內(nèi)藥品、藥品包裝材料、醫(yī)療器械生產(chǎn)、經(jīng)營的監(jiān)管。 2004年2月，在原藥品監(jiān)督管理局崇明分局的基礎(chǔ)上，組建了上海市食品藥品監(jiān)督管理局崇明分局，更名為上海市食品藥品監(jiān)督管理局崇明分局，除繼續(xù)承擔(dān)藥品和醫(yī)療器械監(jiān)管外，履行新增職能，即負責(zé)對崇明地區(qū)食品安全的綜合監(jiān)督、組織協(xié)調(diào)和依法查處重大事故。2005年1月起還負責(zé)食品流通、消費環(huán)節(jié)以及保健食品、化妝品的生產(chǎn)、消費和流通環(huán)節(jié)的監(jiān)管。
上海市食品藥品監(jiān)督管理局崇明分局內(nèi)設(shè)一室三科，分別為辦公室、稽查科、藥品監(jiān)管科和食品監(jiān)察科。另有兩個下屬機構(gòu)：崇明縣食品藥品監(jiān)督所和上海市崇明食品藥品檢驗所。崇明縣食品藥品監(jiān)督所成立于2005年1月1日，是行政執(zhí)法性事業(yè)單位，內(nèi)設(shè)辦公室、審核發(fā)證科、綜合業(yè)務(wù)科和監(jiān)督一科、監(jiān)督二科五個部門。上海市崇明食品藥品檢驗所成立于2002年12月，是食品藥品監(jiān)管的技術(shù)支撐機構(gòu)，內(nèi)設(shè)綜合辦、檢驗室兩個部門。