崇明出入境檢驗檢疫局位于祖國的第三大島。前身為崇明進出口商品檢驗局，成立于1996年3月5日，1999年12月機構改革，成立崇明檢驗檢疫局。是上海出入境檢驗檢疫局在崇明地區的分支機構。隨著定位于生態島的崇明大開發序幕的拉開，綠色農產品、高科技產品將是崇明局業務新的增長點。
崇明檢驗檢疫局主要負責崇明地區進出口商品的法定檢驗和鑒定，承辦職責范圍內出口質量許可證的考核與監督檢查和實施強制性產品認證制度產品的入境驗證工作，辦理委托檢驗檢疫業務；負責崇明地區出入境衛生檢疫 、傳染病監測和口岸衛生監督；負責崇明地區出入境動植物及其產品和其它檢疫物的檢驗檢疫和監督管理；負責崇明地區出口食品生產、加工企業的衛生注冊登記的預評審及獲證后的監管工作；負責崇明地區生產加工企業的分類管理和日常監管工作；負責崇明地區普惠制產地證和一般原產地證及其它產地證的的簽發。