崇明縣衛生局主要職能：
1、貫徹執行國家和市有關衛生工作的方針、政策、法律、法規、規章；負責有關醫政、衛生預防保健等法規的執法工作
2、根據國家、市和上級衛生部門的任務與要求，制訂本區衛生事業發展規劃、工作計劃和規范性文件，并組織實施
3、制訂本區醫療機構設置規劃；指導本區醫療機構衛生改革工作以及監督、管理本區醫療機構工作；負責管理醫療機構內部臨床藥事工作
4、依法對本區公共場所衛生、勞動衛生和職業病、飲水衛生、放射衛生、學校衛生、傳染病防治、醫療機構管理、醫務人員執業、獻血、紅十字、母嬰保健等法律、法規的實施進行監督管理；負責本區醫療單位人員、設備、機構、適宜技術的許可審批
5、制訂本區中醫和中西醫結合發展規劃，并組織實施，促進中醫和中西醫結合事業發展與振興
6、制定本區社區衛生、婦幼衛生、初級衛生保健工作規劃、農村合作醫療制度，并組織實施
7、制定本區醫學科技發展規劃和醫學科研項目，并組織實施；制定本區衛生人才發展規劃，并組織實施；根據市衛生局要求，組織開展職業道德教育
8、組織實施本區城鎮職工醫療保險、農村合作醫療大病基金、血液管理、 愛國衛生等工作；依法主管本區突發性事件、災害事故的醫療救護工作