根據《中共上海市委、上海市人民政府印發〈關于本市區縣政府職能轉變和機構改革的意見〉的通知》（滬委〔2014〕811號）精神和市編委同意備案的《崇明縣人民政府職能轉變和機構改革方案》的規定，設立崇明縣農業委員會（現為上海市崇明區農業委員會）。上海市崇明區農業委員會作為區政府工作部門，掛中共上海市崇明區委農村工作辦公室、上海市崇明區林業局牌子。
一、職能轉變
（一）整合的職責
1.將中共上海市崇明區委農村工作辦公室承擔的推進農村改革、協調推進新農村建設等職責，劃入上海市崇明區農業委員會。
2.將上海市崇明區經濟委員會承擔的畜禽屠宰行業規劃定點、資質審核、行業統計等職責，劃入上海市崇明區農業委員會。
3.將原上海市食品藥品監督管理局崇明分局承擔的畜禽屠宰環節質量安全監管職責，劃入上海市崇明區農業委員會。
（二）增加的職責
1.食用菌菌種母種、原種《食用菌菌種生產經營許可證》審批。
2.橫沙漁港安全監督。
（三）加強的職責
1.對本區農產品質量安全的監管。
2.推進村莊改造等新農村建設相關工作。
3.對獸醫醫政、藥政的監管。
二、主要職責
（一）貫徹執行黨和國家、本市關于農業、農村工作的法律、法規、規章和方針、政策；結合本區實際，研究編制本區農業、農村發展中長期規劃和年度計劃并組織實施。
（二）制定本區農業適度規模經營、農村合作經濟組織、家庭農場、農民合作社、農業龍頭企業、農業中介服務組織的發展規劃；協調推進本區農業社會化服務體系和農產品加工體系建設與發展，促進農業行業協會發展；參與指導本區農業綜合開發，協同推進農產品市場建設，促進農業產銷一體化。
（三）負責全區種植業、林業和農村綠化、畜牧業和漁業管理；負責動植物防疫、檢疫工作；承擔畜禽屠宰監管職責，負責行業規劃定點、資質審核、行業統計以及動物產品進入加工和流通環節前的質量安全監管；會同有關部門實施農產品的流通和加工管理。
（四）組織實施全區農業科技進步規劃，負責指導、協調、推進農業技術攻關和農業技術推廣工作；負責農業機械安全監理工作；負責農業信息服務工作。
（五）組織指導全區農業產業化和農業標準化工作；負責地產農產品的安全監管與監測，指導全區有機、綠色和無公害農產品的生產及農產品品牌認證等工作；負責農業重點項目的立項申報、指導和監管工作。
（六）收集和整理本區農業生產的各項信息，組織調查研究，提出農業發展、農業結構調整、農民增收的意見和建議。
（七）負責本區農業、林業、畜牧獸醫、漁業等行政執法工作。
（八）指導推進本區農村集體經濟組織產權制度改革；負責農村集體資產監督管理工作；負責農村集體資產財務管理和農民負擔監督管理；參與農村集體資產流失案件的查處、產權糾調處紛。
（九）協調推進農村改革，加強農村各項制度建設；負責開展本區農村改革發展重大問題的調查研究，提出政策措施；牽頭協調推進美麗鄉村建設和農村村莊改造；協調推進農村綜合幫扶工作；指導推進新型職業農民培育。
（十）制定農村村級組織政策等。
（十一）負責有關行政訴訟應訴工作。
（十二）承辦區政府交辦的其他事項。
三、內設機構
根據上述職責，上海市崇明區農業委員會設11個內設機構：
（一）辦公室
（二）組織人事科
（三）計劃財務科
（四）農業科
（五）蔬菜科
（六）林業科
（七）畜牧獸醫管理辦公室
（八）水產科
（九）綜合發展科
（十）農村集體資產管理科
（十一）新農村建設科
