主要職責是依據《上海市城市管理行政執法條例》的規定,依法在本區范圍內行使市容環境衛生管理、綠化管理、市政工程管理、水務管理、環境保護管理、公安交通管理、工商管理、建設管理、房地產管理、城市規劃管理等方面的全部或部分行政處罰權以及與行政處罰權相關的行政強制權和行政檢查權。
上海市崇明區城市管理行政執法局本部內設辦公室、政工科、法制科、執法監督科、勤務指揮科,下設執法大隊及1個機動中隊,另外18個鄉鎮設有鄉鎮城管執法中隊(城橋中隊、堡鎮中隊、長興中隊、陳家鎮中隊、綠華中隊、廟鎮中隊、新河中隊、新海中隊、東平中隊、建設中隊、港西中隊、港沿中隊、豎新中隊、中興中隊、向化中隊、三星中隊、橫沙中隊、新村中隊)。