崇明縣科技館選址在崇明新城的科技文化中心，與崇明文化館、圖書館、檔案館合建，建筑面積5000多平方米，其中，底樓和二樓為崇明縣科技館展區。目前科技館正在建設過程中，預計2011年底開館投入使用。

崇明縣科技館的主題定位是以科學發展觀為指導，普及生態理念，展示生態案例，傳播生態科技，引領健康生活方式，促進人與自然和諧發展，突出教育性，兼顧演示性和參與性。科技館的對象定位是島內居民、島內外學生、島外游客，尤其是島內中小學生。

崇明縣科技館建成后將建立高效能的運作模式，向公眾普及科學和技術知識、傳播科學的思想和方法、倡導科學精神、宣傳科學技術的成就及其作用，組織社會科技和教育力量，舉辦科普展覽教育及相關活動，并創造公眾主動參與的條件，培育公眾對科學技術的興趣，滿足公眾學習科學技術的需要，增強公眾求知、探索和創造的能力和參與科學技術進步的意識，不斷提高崇明公眾科學文化素質。